ΒΙΟΪΑΤΡΙΚΗ ΕΡΕΥΝΑ

Έργα Βιοϊατρικής Έρευνας

Η βιοϊατρική έρευνα στο ΙΝΕΒ | ΕΚΕΤΑ έχει ως βασικό αντικείμενο την κατανόηση της παθογένειας των νοσημάτων και την ανάπτυξη και επικύρωση καινοτόμων μεθοδολογιών, προϊόντων και υπηρεσιών ιατρικού ενδιαφέροντος ώστε να προωθηθεί η μετάβαση από το εργαστήριο στην κλινική πράξη (‘from bench to bedside’), σε συμφωνία με τις αρχές της Ιατρικής Ακριβείας για μεγιστοποίηση του οφέλους και ελαχιστοποίηση του περιττού κόστους και των ανεπιθύμητων ενεργειών.

Κύρια πεδία ενδιαφέροντος:

  • μελέτη της παθοφυσιολογίας των χρόνιων μη μεταδιδόμενων νοσημάτων και αναγνώριση νέων προβλεπτικών βιοδεικτών και νέων θεραπευτικών στόχων
  • βελτιωμένη πρόληψη, διάγνωση και διαστρωμάτωση κινδύνου στα χρόνια μη μεταδιδόμενα νοσήματα
  • μοριακή ταυτοποίηση λοιμώξεων και μελέτη της παθογένεσης καρκίνων που σχετίζονται με λοιμώξεις
  • ενοποίηση, ανάλυση και ερμηνεία ετερογενών βιοϊατρικών δεδομένων
  • ανάπτυξη εφαρμογών για την προτυποποιημένη συλλογή δεδομένων σε συνθήκες πραγματικής κλινικής πρακτικής (real world evidence)

Το ΙΝΕΒ | ΕΚΕΤΑ συντονίζει το Εθνικό Δίκτυο Ιατρικής Ακριβείας στην Ογκολογία (https://oncopmnet.gr) και στεγάζει έναν από τους 4 κόμβους του Δικτύου. Επίσης συμμετέχει ως εταίρος στο Εθνικό Δίκτυο Ιατρικής Ακριβείας στην Καρδιολογία.

Οι τρέχουσες ομικές μελέτες και παρεμφερείς υπολογιστικές προσεγγίσεις στο βιοϊατρικό τομέα του ΙΝΕΒ | ΕΚΕΤΑ συμπεριλαμβάνουν:

- NGS ανοσογενετικές αναλύσεις: μελέτη του ρεπερτορίου των γονιδίων των ανοσοσφαιρινών σε λεμφώματα και προλεμφωματικές καταστάσεις | μελέτη του ρεπερτορίου των γονιδίων του Τ κυτταρικού υποδοχέα σε λεμφώματα, σύνδρομα μυελικής ανεπάρκειας, χρόνια νόσο μοσχεύματος εναντίον ξενιστή, λοιμώξεις, αυτοάνοσα νοσήματα | ανάλυση ρεπερτορίου αντιγονικών υποδοχέων σε ασθενείς με καρκίνο υπό θεραπεία με βιολογικούς παράγοντες
Ενοποιημένη ομική μελέτη των αιματολογικών κακοηθειών: μελέτη μεθυλίωσης DNA και ανάλυση μεταγραφώματος σε ασθενείς που λαμβάνουν θεραπεία με κλασικά ανοσοθεραπευτικά σχήματα έναντι νέων βιολογικών παραγόντων | Whole exome sequencing προνεοπλασματικών καταστάσεων
Στοχευμένη NGS ανάλυση για βελτιωμένη διαστρωμάτωση κινδύνου στον καρκίνο: νέες μεταλλάξεις στις αιματολογικές κακοήθειεs
- NGS ανάλυση ιών του ανθρώπου: πρότυπα μεθυλίωσης DNA σε οροτύπους HPV
- NGS ανάλυση προτύπων μεθυλίωσης σε γονίδια που εμπλέκονται στην παθογένεση του σακχαρώδους διαβήτη τύπου Ι

Οι συγκεκριμένες μελέτες συμπληρώνονται από ενδελεχή χαρακτηρισμό τόσο σε γενετικό επίπεδο (επικυρωμένα πρωτόκολλα gene editing μέσω του συστήματος CRISPR/Cas9, RNA interference και της προσέγγισης Sleeping Beauty Transposon) όσο και σε κυτταρικό και βιοχημικό επίπεδο.

Το ΙΝΕΒ | ΕΚΕΤΑ δραστηριοποιείται σε πρωτοβουλίες που αποσκοπούν στην εναρμόνιση τεχνικών μοριακής διαγνωστικής. Στόχος των συγκεκριμένων δράσεων είναι να προαγάγει και να εξελίξει τη μεθοδολογία προσδιορισμού βιοδεικτών για κλινική διαγνωστική εφαρμογή μέσω εκπαίδευσης, προτυποποίησης διαδικασιών και δημοσίευσης κατευθυντήριων οδηγιών. Απώτερη επιδίωξη είναι να αναβαθμιστεί η ιατρική μέριμνα και να αυξηθεί η διαθεσιμότητα αξιόπιστων εξετάσεων, επιτρέποντας στους κλινικούς ερευνητές αλλά και στη φαρμακοβιομηχανία να εστιάσουν σε ομάδες ασθενών δυσμενούς πρόγνωσης και να αναπτύξουν νέα πρωτόκολλα με σκοπό την περαιτέρω βελτίωση της έκβασης.

Σε αυτό το πλαίσιο, το ΙΝΕΒ | ΕΚΕΤΑ:
- επέβλεψε τη διατύπωση των διεθνών κατευθυντήριων οδηγιών για τον καθορισμό της κατάστασης σωματικής υπερμεταλλαξιγένεσης (somatic hypermutation) στη χρόνια λεμφοκυτταρική λευχαιμία (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28439111)
- συμμετείχε στη διατύπωση των διεθνών κατευθυντήριων οδηγιών για την ανίχνευση μεταλλάξεων του γονιδίου TP53 σε ασθενείς με αιματολογικές κακοήθειες (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29467486)
- συμμετέχει στην αξιολόγηση της κλινικής σημασίας μεταλλάξεων στα λεμφώματα (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27582569)
- αναπτύσσει εργαλεία βιοπληροφορικής ανάλυσης για ελεύθερη χρήση (free software) στο κλινικό διαγνωστικό περιβάλλον (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26249808; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29036643)

Το ΙΝΕΒ | ΕΚΕΤΑ είναι ενεργός κόμβος του BBMRI-ERIC (Biobanking and BioMolecular resources Research Infrastructure – European Research Infrastructure Consortium) [https://directory.bbmri-eric.eu/menu/main/dataexplorer/details/eu_bbmri_eric_collections/bbmri-eric:ID:GR_clINABdb:collection:all_samples]

Σε αυτό το πλαίσιο, συνεργάζεται στη συλλογή, επεξεργασία και αποθήκευση πρωτογενούς βιολογικού υλικού (δείγματα ασθενών) με την Αιματολογική Κλινική και Μονάδα Μεταμόσχευσης Αιμοποιητικών Κυττάρων του ΓΝ Γ. Παπανικολάου, σύμφωνα με τους όρους σχετικού Μνημονίου Συνεργασίας.

Η έρευνα που αφορά στη διαχείριση και ανάλυση κλινικοβιολογικών δεδομένων σε συνθήκες πραγματικής κλινικής πρακτικής (Real-world evidence, RWE) είναι πολύτιμο εργαλείο στη βιοϊατρική έρευνα. Σε σύγκριση με τα δεδομένα από κλινικές δοκιμές, τα δεδομένα RWE περιγράφουν πιο ρεαλιστικά πώς ένα φαρμακευτικό ή βιοτεχνολογικό προϊόν θα λειτουργήσει σε έναν ευρύτερο, πιο αντιπροσωπευτικό πληθυσμό και σε πιο ευρύ χρονικό πλαίσιο, ενώ επίσης παρέχουν πληροφορίες για συγκρίσεις και εκβάσεις που δεν αποτελούν μέρος των πρωτοκόλλων κλινικών δοκιμών.

Το ΙΝΕΒ | ΕΚΕΤΑ έχει αναπτύξει προτυποποιημένα συστήματα για τη συλλογή και τη διαχείριση δεδομένων RWE από ασθενείς με χρόνιες αιματολογικές κακοήθειες. Πρόκειται για web-based συστήματα εισαγωγής που χρησιμοποιούν σημασιολογία και αξιοποιούνται από (i) ένα ευρύ δίκτυο συνεργαζόμενων αιματολογικών κέντρων στην Ευρώπη (ERICLL db, https://www.ericll.org/ongoing-projects) και (ii) το δίκτυο αιματολογικών κέντρων ΧΜΛ της Ελλάδας για τη συλλογή και ενοποίηση πολυεπίπεδων και διαφορετικής προέλευσης κλινικών και βιολογικών δεδομένων, συμπεριλαμβανομένων γενωμικών.

Το INEB | EKETA επίσης επιδίδεται σε έρευνα με αντικείμενο τα δεδομένα RWE και σε άλλες, εκτός καρκίνου, κατηγορίες NCD (π.χ. χρόνια αποφρακτική πνευμονοπάθεια). Τέλος, επισημαίνεται ότι συντονίζει την πρωτοβουλία IMGT/CLL-DB (https://www.imgt.org/CLLDBInterface/query), ένα κοινό εγχείρημα των φορέων IMGT και ERIC, μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα, το οποίο επικεντρώνεται στη μοριακή επιδημιολογία του λεμφικού καρκίνου και περιέχει ανοσογενετικά δεδομένα από >32,000 ασθενείς 23 κλινικών κέντρων από την Ευρώπη και τις ΗΠΑ.

Το ΙNΕB|ΕΚΕΤΑ εκπονεί φαρμακολογική έρευνα με ιδιαίτερη έμφαση στην ασφάλεια φαρμάκων και τη φαρμακοεπαγρύπνηση, εστιάζοντας στα εξής θέματα:
Ανάπτυξη προηγμένων Βάσεων Γνώσης φαρμακοεπαγρύπνησης, διασυνδέοντας πολλαπλές, ετερογενείς πηγές δεδομένων.

Αξιοποίηση και αξιολόγηση αναδυόμενων πηγών δεδομένων για «ενεργή» φαρμακοεπαγρύπνηση.
Ανάπτυξη σύγχρονων εργαλείων υποστήριξης ειδικών φαρμακοεπαγρύπνησης για την αποτίμηση πιθανών σημάτων ασφάλειας.

Πρόληψη ανεπιθύμητων δράσεων φαρμάκων στο κλινικό περιβάλλον και ασφαλής ηλεκτρονική συνταγογράφηση.
Κατανόηση αναγκών επαγγελματιών υγείας για ασφαλή συνταγογράφηση με συστήματα αυτοματοποίησης παραγγελιών (Computerized Provider Order Entry – CPOE).

Πιο συγκεκριμένα, το ΙΝΕΒ|ΕΚΕΤΑ αναπτύσσει μηχανισμούς “ενεργού” φαρμακοεπαγρύπνησης για φάρμακα που διατίθενται στην αγορά (active, post-marketing surveillance). Οι συγκεκριμένοι μηχανισμοί αξιοποιούν συνδυαστικά συμβατικές πηγές δεδομένων φαρμακοεπαγρύπνησης, δηλ. διεθνή συστήματα αναφορών ανεπιθύμητων δράσεων φαρμάκων, και μη συμβατικές – αναδυόμενες ως προς τη φαρμακοεπαγρύπνηση – πηγές δεδομένων, π.χ. συστήματα Ηλεκτρονικού Φακέλου Ασθενούς, βιβλιογραφικές βάσεις δεδομένων και πλατφόρμες μέσων κοινωνικής δικτύωσης [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28270198]. Το ΙΝΕΒ|ΕΚΕΤΑ διευρύνει τη χρήση των παραπάνω μεθόδων αξιοποίησης δεδομένων μεγάλου όγκου σε επιπρόσθετα ζητήματα δημόσιας υγείας, π.χ. για τη διερεύνηση τάσεων/απόψεων ασθενών που εκφράζονται σε μέσα κοινωνικής δικτύωσης σχετικά με νέες θεραπευτικές προσεγγίσεις [https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-55014-5_4]. Το ΙΝΕΒ|ΕΚΕΤΑ αξιοποιεί την τεχνογνωσία που διαθέτει σε τεχνολογίες γνώσης (knowledge engineering) και διασυνδεμένων δεδομένων για: (α) την ανακάλυψη νέας γνώσης αναφορικά με την ασφάλεια [https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-70284-1_24] και την επαναστόχευση φαρμάκων, και (β) τον εμπλουτισμό δημόσια διαθέσιμων δεδομένων φαρμακολογίας [https://dx.doi.org/10.3389/fphar.2018.00609], ώστε να είναι συμβατά με τις αρχές FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable [https://dx.doi.org/10.1038/sdata.2016.18]).

Επίσης, το ΙΝΕΒ|ΕΚΕΤΑ αναπτύσσει συστήματα στήριξης ιατρικής απόφασης με σκοπό την ασφαλέστερη συνταγογράφηση κατά την κλινική πράξη, ενσωματώνοντάς τα σε συστήματα αυτοματοποίησης παραγγελιών και Ηλεκτρονικού Ιατρικού Φακέλου. Η ενσωμάτωση λειτουργιών στήριξης της ιατρικής απόφασης στα προαναφερθέντα συστήματα με αντικείμενο τη φαρμακευτική αγωγή, έχει επισημανθεί ως σημαντικό ζητούμενο από τους επαγγελματίες υγείας. Διεθνής, συγκριτική έρευνα με τη συμμετοχή 1.018 κλινικών ιατρών από 9 χώρες και 11 νοσοκομεία και συνεισφορά ερευνητών του ΙΝΕΒ|ΕΚΕΤΑ ανέδειξε ότι η θεώρηση των ιατρών προς τις υπηρεσίες στήριξης απόφασης σε συστήματα ηλεκτρονικής συνταγογράφησης είναι θετική, αναγνωρίζοντας σημαντικά οφέλη για την ασφάλεια των ασθενών και την ποιότητα της περίθαλψης, ανεξάρτητα από τη χώρα, το περιβάλλον εργασίας και την προσωπική εμπειρία των συμμετεχόντων στην έρευνα με τέτοιου είδους συστήματα ή υπηρεσίες [https://dx.doi.org/10.3414/ME12-02-0007].

Η χρήση εφαρμογών mHealth, προσωπικών συσκευών υγείας, αισθητήρων και τυποποιημένων ερωτηματολογίων αποτελεί σημαντικό εργαλείο συλλογής δεδομένων από τους ασθενείς και τους φροντιστές τους. Ο «ψηφιακός ασθενής» είναι ένα νέο παράδειγμα αυτοελέγχου και συμμετοχής στη διαχείριση χρόνιων ασθενειών. Στόχος είναι η βελτίωση διαφόρων πτυχών της ζωής και της υγείας του ασθενούς, αποτιμώντας εξατομικευμένα την ανταπόκριση στη θεραπεία, την εξέλιξη της ασθένειας, καθώς και θέματα συμπεριφοράς, αξιοποιώντας τα δεδομένα που καταγράφονται και ενεργοποιώντας τον ασθενή ως ενεργό συμμέτοχο στη διαχείριση της υγείας του. Οι εφαρμογές ψηφιακού ασθενούς σε ευρεία κλίμακα δημιουργούν σημαντικές προκλήσεις που σχετίζονται με τη διαχείριση και την ανάλυση σημαντικού όγκου, ετερογενών δεδομένων.

Το ΙΝΕΒ|ΕΚΕΤΑ αναπτύσσει συστήματα ενδυνάμωσης ασθενών σε στενή συνεργασία με τους ασθενείς και τους φροντιστές τους [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29554380, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28667228]. Εστιάζει, επίσης, σε ζητήματα ασφάλειας συστημάτων και υπηρεσιών ηλεκτρονικής υγείας (cybersecurity) [https://doi.org/10.1016/j.jnca.2018.05.012], με ιδιαίτερη έμφαση στη διασύνδεση αυτών των ζητημάτων με την ασφάλεια των ασθενών (patient safety) και την υποστήριξη της διαλειτουργικότητας κατά την ανταλλαγή ιατρικών δεδομένων μεταξύ χωρών της Ευρωπαϊκής Ένωσης [https://doi.org/10.1007/978-981-10-7419-6_13, https://doi.org/10.1007/978-981-10-7419-6_14].

Το πρόγραμμα ενδυνάμωσης ασθενών του ΙΝΕΒ επικεντρώνεται στα χρόνια μη μεταδοτικά νοσήματα στοχεύοντας:

- Στη δημιουργία αποτελεσματικών και δομημένων πρωτόκολλων και εργαλείων για την επικοινωνία γιατρού-ασθενούς.
- Στην ανάλυση της επίδρασης στη θεραπεία που μπορεί να έχουν τα διάφορα εργαλεία ενδυνάμωσης ασθενών.
- Στη δημιουργία κατευθυντήριων οδηγιών ως προς την προσέγγιση ασθενών που πάσχουν από χρόνια μη μεταδοτικά νοσήματα.
- Στην ενημέρωση της συνήθους πρακτικής στα χρόνια μη μεταδοτικά νοσήματα σχετικά με τους τρόπους βελτίωσης της (αυτο)διαχείρισης των χρονίως πασχόντων.
- Στη διαπίστωση των οικονομικών προεκτάσεων μιας τέτοιας προσέγγισης στο σύστημα υγείας.

Περισσότερα στην Ιστοσελίδα της δράσης.