The Can.Heal consortium recognises that prevention, diagnosis and treatment should be approached in a concerted way for optimal benefit of patients and citizens. In the clinical arm in our project, responding to the ‘Cancer Diagnostic and Treatment for All’, we focus on applying ‘next generation sequencing’ technology and identify implementation paths to extend the application of genetic profiling of patients and tumour cells to allow harmonized data interpretation and facilitated treatment decisions, to apply the same or similar diagnostic and therapeutic approaches to patients with comparable cancer profiles across the EU, to take up the molecular tumour profiling biomarkers that estimate cancer predisposition to allow better counselling of family members regarding cancer risk. In the arm on ‘Genomics for Public Health’, the application of novel insights on estimating cancer risks in healthy populations by polygenic risk score analysis within population wide interventions as well as strategies of remote genetic counselling and telegenetics will be further developed. Finally, we wish to set the framework for integrating and aligning the Genome of Europe biobanking initiative into public health genomics for cancer. We will further deepen the ethical and legal consents towards access to medical information and develop training tools on oncogenomics at large. Capacity building exercises will be performed in several countries. We will build on distinct use cases towards developing an integrated approach to improve access of individuals and cancer patients to prevention, diagnosis and treatment of cancer through personalised medicine.
NEoteRIC’s primary objective is the generation of holistic photonic machine learning paradigms that will address demanding imaging applications in an unconventional approach providing paramount frame rate increase, classification performance enhancement and orders of magnitude lower power consumption compared to the state-of-the-art machine learning approaches. NEoteRIC’s implementation stratagem incorporates multiple innovations spanning from the photonic “transistor” level and extending up to the system architectural level, thus paving new, unconventional routes to neuromorphic performance enhancement. The technological cornerstone of NEoteRIC relies on the development and upscaling of a high-speed reconfigurable photonic FPGA-like circuit that will incorporate highly-dense and fully reconfigurable key silicon photonic components (ring resonators, MZIs, etc.). High-speed reconfigurability will unlock the ability to restructure the photonic components and rewire inter-component connections. Through NEoteRIC the integrated photonic FPGAs will be strengthened by the incorporation of novel marginal-power consuming non-volatile high-speed phase shifters that will push the boundaries of energy consumption.
Recent next-generation sequencing (NGS) studies by our group documented the clonal architecture of the T cell repertoire in CLL, with T cell clones which persist and expand over time in treatment-naive CLL, appear disease-specific and may be shared among different patients, especially those belonging to stereotyped subsets, thereby indicating selection by restricted antigens that could actually be acting in a CLL subset-specific context. Furthermore, we have shown that BcR signaling inhibitors retain T cell clones that may have developed in response to tumor antigens; importantly, at least in the case of rituximab-idelalisib, these clones expand and may become activated, possibly contributing in the clinical response. Based on our extensive, albeit indirect, immunogenetic evidence regarding the existence of tumor-specific T cell clones that can potentially be recruited into antitumor responses, we here propose how to formally identify and fully characterize both immunogenic neoepitopes and the CD8 T cells that recognize them. We will take advantage of a novel, high-throughput method for detecting antigen-specific T cells using DNA-barcoded peptide-MHC-I multimers. Our study will focus on neoepitopes that may be conserved amongst CLL patients, with the ultimate goal to explore the possibility for a stratified treatment by means of engineered T cells or by peptide vaccines targeting such conserved epitopes."
IGpath is an original multidisciplinary project combining innovative methodologies with the aim of dissecting BcR IG-related mechanisms and processes implicated in the pathogenesis of mature B-NHLs. The focus will be on splenic marginal zone lymphoma (SMZL) and chronic lymphocytic leukemia (CLL), and monoclonal B lymphocytosis, a pre-malignant condition that is considered as a potential precursor state to CLL. IGpath is grounded on the combination of the applicant’s scientific background and skills with the expertise and infrastructure of the Host, thus guaranteeing the bidirectional transfer of knowledge. Therefore, it is anticipated to lead to novel insight into the fundamental mechanisms of lymphomagenesis, holding the potential to identify novel actionable targets and novel prognostic/predictive biomarkers. Moreover, thanks to a carefully designed research strategy and implementation plan, the applicant will acquire valuable skills in novel techniques, project management, and networking, thus setting the basis for an independent career in science.
The cervHPVix research proposal, based on GRECOSELF, aspires to develop an innovative triage method of hrHPV(+) women, such that only women with higher risk should be referred for further testing, thus improving the overall efficiency of the prevention strategy and reducing significantly the unnecessary number of referrals and the consequent economical and psychological burden. The novelty of cervHPVix is focused on introducing and evaluating for the first time globally a solely molecular approach for showcasing and validation of predictive molecular biomarkers, which will enable to better categorize HPV(+) women regarding the risk of cervical cancer.
We intend to explore two major mechanisms that may underlie less than optimal responses to BcR inhibition by ibrutinib, namely: "bypass" activation from non-BcR immune pathways, in particular the TLRs, resistance to signaling inhibitor-induced apoptosis in a context of BcR anergy associated with decreased dependence on proximal BcR signaling.
The Research Program aims at: 1) Detailed characterization of immune signaling capacity of SMZL B cells, in order to obtain deeper insight into the precise role of signaling inhibitors in SMZL management, 2) screening and functional characterization of EZH2, a marker of clinical aggressiveness and druggable target in lymphoma (Wagener, Macher-Goeppinger et al. 2010, Beguelin, Popovic et al. 2013, Behrens, Solis et al. 2013), in well a characterized cohort of SMZL case, and 3) investigation of the effects and potential synergism of combined EZH2 and signaling inhibition in SMZL cells ex vivo.
CLL patient empowerment for active participation in decision-making
The main objective of this Research Program is to define and understand the links between p63, immune signaling, and NF-κB deregulation in CLL. Special focus will be given on the impact of p63 on CLL evolution, including resistance to and/or progression after treatment with both chemoimmunotherapy and signaling inhibitors; as well as Richter’s transformation. It aims at dissecting clinical aggressiveness in CLL and also in identifying optimal combinations of signaling inhibitors for a subgroup of patients with adverse prognosis, thus refining patient management.
Η ανάπτυξη μεθόδων που θα στοχεύουν αποκλειστικά τις μη επιθυμητές αντιδράσεις του μοσχεύματος έναντι του λήπτη (π.χ GvHD) διατηρώντας την επωφελή δραστικότητά του έναντι των κακοήθων κυττάρων του λήπτη (GVT) και των παθογόνων (GVΙ), θα μπορούσε να αποτελέσει κρίσιμη παρέμβαση με σκοπό τη βελτίωση της επιβίωσης των ασθενών με αιματολογικές κακοήθειες που υποβάλλονται σε αλλογενή μεταμόσχευση. Η προτεινόμενη έρευνα αποτελεί μη παρεμβατική κλινική μελέτη με σκοπό να διερευνηθεί η έκφραση των TLR2, TLR4, TLR5, TLR7 και TLR9,τόσο σε σταθερή κατάσταση όσο και μετά από ενεργοποίησή τους.
Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is the most frequent adult leukemia in the west. The clinical course and eventual outcome of CLL is highly variable. It is accepted that intratumor heterogeneity, at the genetic and cellular levels, is the main force driving both tumor development and treatment resistance. At the genetic level, there is no single gene mutation characteristic of the disease and CLL cells, but also to some extend hematopoietic progenitors, in a given patient may carry different burden of different mutations affecting different pathways. At the cellular level, leukemic cells remain responsive to multiple stimuli originating from microenvironment but with different intensity and effect. The aim of this project is to apply next generation sequencing technologies investigate intratumor heterogeneity in chronic lymphocytic leukemia (CLL) to investigate the impact of in vitro treatment and extracellular stimuli on tumor heterogeneity and cellular behavior will also be analyzed. Experimental and clinical data will be integrated using mathematical tools to build up a model allowing prognosticating disease evolution, treatment outcome and resistance. It is expected that this work will have important consequences for the future disease management in CLL by the prevention of progression, treatment resistance, and bringing the right combination therapy to the right patients.
The “PureCell - Towards Precision Medicine: Advanced cellular analytics in biomedical research” proposal was built with the main aim to leverage the institutional capacities of the Institute of Applied Biosciences at the Centre for Research and Technology Hellas (INAB-CERTH) in biomedical research, with a particular focus on research initiatives related to precision medicine. Capitalizing on the presence of a high-skilled workforce, state-of-the-art infrastructure for omics studies (including in vitro and in silico analysis), scientific and technological excellence and extensive experience of joint initiatives in Greece and abroad, within only 4 years in existence, INAB-CERTH has accomplished landmark achievements in biomedicine, especially in cancer with a main emphasis on dissecting cancer pathophysiology towards enhancing the fundamental understanding of cancer and improving patient care. Through this present proposal, INAB-CERTH aims to expand its current activities by incorporating new technologies and relevant instrumentation, including (i) Cell Sorter + associated Flow Cytometry; and, (ii) Metabolic Kinetics infrastructure. The expanded capacity will integrate with our existing –omics facilities and amplify its impact in Precision Medicine. We aim towards the establishment of a National Open Infrastructure for Advanced Cellular Analytics in biomedical research that will be relevant to not only INAB-CERTH scientists and collaborators but the academic sector at large that will have increased opportunities for cutting-edge research.
Η εξελισσόμενη πανδημία από τον νέο κορονοϊό SARS-CoV-2 συνιστά μείζον παγκόσμιο πρόβλημα δημόσιας υγείας. Η αποτελεσματική διαχείριση της πανδημίας προϋποθέτει, μεταξύ άλλων, αξιόπιστη μοριακή ταυτοποίηση και χαρακτηρισμό του ιού, καλή περιγραφή των επιδημιολογικών χαρακτηριστικών, κατανόηση της παθοφυσιολογίας της λοίμωξης, αναγνώριση θεραπευτικών στόχων, ανάπτυξη εμβολίου και αποτελεσματικών αντιϊκών φαρμάκων.
Βασικό αντικείμενο του προτεινόμενου έργου IMPACT είναι η ανάπτυξη βελτιωμένων υλικών με βάση το βιομηχανικό ορυκτό ολιβίνη με διττό στόχο: i) την αύξηση της πυριμαχικότητας μαζών για εφαρμογές στη χαλυβουργία και ii) την αντικατάσταση του οξειδίου του πυριτίου στην άμμο χυτηρίων με μία περιβαλλοντικά φιλικότερη πρώτη ύλη. Στα πλαίσια της πρότασης θα επιχειρηθεί η κάλυψη των ερευνητικών δραστηριοτήτων με τη διερεύνηση της δυνατότητας ανάπτυξης βελτιωμένων βιομηχανικών υλικών με βάση τον ολιβίνη και με στόχο τη χρήση των υλικών αυτών σε εφαρμογές υψηλών θερμοκρασιών στη μεταλλουργική βιομηχανία (χαλυβουργεία και χυτήρια). Οι προκλήσεις που κινητοποιούν τις προτεινόμενες δράσεις στο IMPACT σχετίζονται με την ανάγκη ανάπτυξης βιομηχανικών πυράντοχων και πυρίμαχων υλικών που να ανταπεξέρχονται σε ιδιαίτερα απαιτητικά περιβάλλοντα, όπως είναι οι διεργασίες υψηλών θερμοκρασιών στη χαλυβουργία και στη χύτευση μετάλλων, και με τη διαρκή απαίτηση για χρήση φιλικότερων υλικών, τόσο για το περιβάλλον όσο και για τους εργαζόμενους.
Το παρόν έργο έχει στόχο την αναβάθμιση των ελληνικών βιοτραπεζών και την δημιουργία του Δικτύου Ελληνικών Βιοτραπεζών, μέσω των κατωτέρω δράσεων: 1. Επικαιροποίηση καταγραφής των Ελληνικών Βιοτραπεζών τόσο σε επίπεδο συλλογών και δειγμάτων όσο και σε επίπεδο εμπλεκόμενου ερευνητικού προσωπικού. 2. Καθορισμός και υιοθέτηση πρωτοκόλλων για συλλογή, επεξεργασία, φύλαξη και επανάκτηση δειγμάτων με βάση την ισχύουσα νομοθεσία και τους κανόνες δεοντολογίας, βιοηθικής και διαφύλαξης προσωπικών δεδομένων. 3. Εγκατάσταση και εφαρμογή τεχνολογιών πληροφορικής για την διασύνδεση μεταξύ των μελών του Δικτύου για την εξασφάλιση διαλειτουργικότητας των δεδομένων σε πραγματικό χρόνο. 4. Πρόσληψη και εκπαίδευση του κατάλληλου επιστημονικού προσωπικού για τη λειτουργία του Δικτύου. 5. Περαιτέρω διασύνδεση με το Ευρωπαϊκό Consortium.
Στόχος της συνεργατικής ερευνητικής υποδομής (ΕΥ) ORION-CM είναι να ολοκληρώσει και να αναβαθμίσει τις υποδομές για τη διενέργεια έρευνας και ανάπτυξης καθώς και εξειδικευμένων και διαπιστευμένων υπηρεσιών στον τομέα της αγροδιατροφής, έναν από τους σημαντικότερους παραγωγικούς τομείς της Κ. Μακεδονίας καθώς και της ευρύτερης περιοχής. Στα πλαίσια μιας στρατηγικής συνεργασίας των Ινστιτούτων ΙΝΕΒ, ΙΜΕΤ και ΙΠΤΗΛ του ΕΚΕΤΑ για την ενίσχυση της έρευνας και τη διασύνδεση της με την τοπική επιχειρηματικότητα στον αγροδιατροφικό τομέα, θα συμπληρωθούν κεντρικές, ήδη υφιστάμενες, υποδομές στους τομείς της α) βιοανάλυσης και μοριακής ιχνηλασιμότητας, β) ευφυών μεταφορών & εφοδιαστικής και γ) ψηφιακής διαχείρισης και ανάλυσης της πληροφορίας. Στόχος της υποδομής είναι η επέκταση και αναβάθμιση των υφιστάμενων υποδομών των τριών Ινστιτούτων ΙΝΑΒ, ΙΜΕΤ και ΙΠΤΗΛ.
Στα πλαίσια του Εθνικού Δικτύου Ιατρικής Ακριβείας, η Μονάδα Ιατρικής Ακριβείας Κεντρικής Μακεδονίας στο ΙΝΕΒ-ΕΚΕΤΑ θα εκπονήσει τις εξής δραστηριότητες: 1. παροχή εξειδικευμένων διαγνωστικών υπηρεσιών βασισμένων σε τεχνολογίες ανασυνδυασμένου DNA, ιδίως ομικές προσεγγίσεις. 2. ανάδειξη νέων βιοδεικτών μέσω συνδυαστικής προσέγγισης βασισμένης στην ενοποίηση νέων βιομοριακών δεδομένων με δεδομένα πραγματικής κλινικής πρακτικής (real world evidence, RWE). Ιδιαίτερη έμφαση θα δοθεί στις κακοήθειες του αιμοποιητικού και λεμφικού ιστού και τις προνεοπλασματικές καταστάσεις.
Ανίχνευση Μεταλλάξεων του γονιδίου TP53 σε ασθενείς με Χρόνια Λεμφοκυτταρική Λευχαιμία
Η Χρόνια Λεμφοκυτταρική Λευχαιμία (ΧΛΛ) είναι η πιο κοινή λευχαιμία των ενηλίκων στη Δύση και, παρά τις σημαντικές πρόσφατες εξελίξεις, παραμένει ανίατη. Είναι κακοήθης νεοπλασία των Β λεμφοκυττάρων και παρουσιάζει έντονη κλινική και βιολογική ετερογένεια. Το γονίδιο TP63, μέλος της οικογένειας TP53, σπάνια υφίσταται μεταλλάξεις σε αιματολογικές κακοήθειες ή συμπαγείς όγκους, ενώ η πρωτεΐνη που κωδικοποιεί (p63) δρα ως μεταγραφικός παράγοντας που ρυθμίζει καίριες διεργασίες του κυττάρου π.χ. επιβίωση, απόπτωση και μετανάστευση. Η πρωτεΐνη p63 εκφράζεται σε υψηλότερα επίπεδα σε καρκινικά κύτταρα σε σύγκριση με τα αντίστοιχα φυσιολογικά. Σε πρόσφατη μελέτη μας σε μεγάλη και καλά χαρακτηρισμένη ομάδα ασθενών με ΧΛΛ δείξαμε ότι η ισομορφή ΤΑp63 της p63 υπερεκφράζεται σε επιθετικές περιπτώσεις ΧΛΛ, ενώ η καταστολή της έκφρασής της ex vivo προκαλεί απόπτωση των ΧΛΛ κυττάρων. Η προτεινόμενη μελέτη επικεντρώνεται στη διαλεύκανση του ρόλου του μεταγραφικού παράγοντα TΑp63 στη ΧΛΛ αναζητώντας τους μοριακούς μηχανισμούς και τα ρυθμιστικά δίκτυα μέσω των οποίων δρα αντι-αποπτωτικά στα κύτταρα της ΧΛΛ, με απώτερο σκοπό τον εντοπισμό νέων θεραπευτικών στόχων.
Ενίσχυση ερευνητικών δράσεων στα Δυτικά Βαλκάνια για τη μοντελοποίηση νευροαναπτυξιακών διαταραχών με τη χρήση βλαστοκυττάρων και καινοτόμων στρατηγικών πολλαπλών μεθοδολογιών Οι νευροαναπτυξιακές διαταραχές (NDD) είναι μια ομάδα σύνθετων και ετερογενών νοσημάτων που προκαλούν διαταραχές στο φάσμα του αυτισμού, διανοητική αναπηρία, σχιζοφρένεια και διπολική διαταραχή. Προκαλούνται από αλλαγές κατά την πρώιμη ανάπτυξη του εγκεφάλου που επηρεάζουν τις γνωστικές, κοινωνικές και κινητικές ικανότητες των ασθενών. Το έργο STREAMLINE στοχεύει να αναδείξει το Ινστιτούτο Μοριακής Γενετικής και Γενετικής Μηχανικής (IMGGE) ως κόμβο στα Δυτικά Βαλκάνια για την έρευνα στις NDD, μέσω της συνεργασίας με τρία κορυφαία Ευρωπαϊκά ερευνητικά ιδρύματα: το Πανεπιστήμιο του Cardiff, το Πανεπιστήμιο του Maastricht και το Εθνικό Κέντρο Έρευνας και Τεχνολογικής Ανάπτυξης. Οι στόχοι του έργου είναι: α) να ενισχύσει τη δικτύωση του IMGGE με κορυφαίους Ευρωπαϊκούς και περιφερειακούς εταίρους, β) να βελτιώσει την τεχνογνωσία του ερευνητικού προσωπικού και την επιστημονική ελκυστικότητα του IMGGE στον τομέα των NDD, γ) να ενισχύσει τις δεξιότητες διαχείρισης ερευνητικών έργων του προσωπικού του IMGGE και δ) να αναδείξει το IMGGE ως περιφερειακό κόμβο για την αντιμετώπιση των NDD.
Εκπομπές νανοσωματιδίων από τον τομέα των μεταφορών: Επιπτώσεις στην υγεία και την πολιτική. Το ερευνητικό έργο nPETS στοχεύει στη συλλογή και μελέτη σωματιδίων που παράγονται από τη ναυτιλία, τα αυτοκίνητα, τα τρένα και τα αεροπλάνα. Θα μελετηθούν αερολύματα τους, καθώς και πρωτογενή και δευτερογενή πτητικά/μη πτητικά σωματίδια (με μέγεθος μικρότερο των 100nm) ώστε να γίνουν κατανοητοί οι κίνδυνοί για την ανθρώπινη υγεία. Πιο συγκεκριμένα, θα μελετηθεί η επίδραση των εκπεμπόμενων νανοσωματιδίων σε βιολογικά συστήματα και θα μετρηθούν δείκτες που σχετίζονται με την καρκινογένεση και τη φλεγμονή. Επιπλέον, το nPETS στοχεύει στην αξιολόγηση των νέων πολιτικών στον τομέα των μεταφορών και στη συσχέτιση των επιπτώσεών τους με συγκεκριμένες πηγές εκπομπών νανοσωματιδίων.
