CLL patient empowerment for active participation in decision-making
The main objective of this Research Program is to define and understand the links between p63, immune signaling, and NF-κB deregulation in CLL. Special focus will be given on the impact of p63 on CLL evolution, including resistance to and/or progression after treatment with both chemoimmunotherapy and signaling inhibitors; as well as Richter’s transformation. It aims at dissecting clinical aggressiveness in CLL and also in identifying optimal combinations of signaling inhibitors for a subgroup of patients with adverse prognosis, thus refining patient management.
Η ανάπτυξη μεθόδων που θα στοχεύουν αποκλειστικά τις μη επιθυμητές αντιδράσεις του μοσχεύματος έναντι του λήπτη (π.χ GvHD) διατηρώντας την επωφελή δραστικότητά του έναντι των κακοήθων κυττάρων του λήπτη (GVT) και των παθογόνων (GVΙ), θα μπορούσε να αποτελέσει κρίσιμη παρέμβαση με σκοπό τη βελτίωση της επιβίωσης των ασθενών με αιματολογικές κακοήθειες που υποβάλλονται σε αλλογενή μεταμόσχευση. Η προτεινόμενη έρευνα αποτελεί μη παρεμβατική κλινική μελέτη με σκοπό να διερευνηθεί η έκφραση των TLR2, TLR4, TLR5, TLR7 και TLR9,τόσο σε σταθερή κατάσταση όσο και μετά από ενεργοποίησή τους.
Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is the most frequent adult leukemia in the west. The clinical course and eventual outcome of CLL is highly variable. It is accepted that intratumor heterogeneity, at the genetic and cellular levels, is the main force driving both tumor development and treatment resistance. At the genetic level, there is no single gene mutation characteristic of the disease and CLL cells, but also to some extend hematopoietic progenitors, in a given patient may carry different burden of different mutations affecting different pathways. At the cellular level, leukemic cells remain responsive to multiple stimuli originating from microenvironment but with different intensity and effect. The aim of this project is to apply next generation sequencing technologies investigate intratumor heterogeneity in chronic lymphocytic leukemia (CLL) to investigate the impact of in vitro treatment and extracellular stimuli on tumor heterogeneity and cellular behavior will also be analyzed. Experimental and clinical data will be integrated using mathematical tools to build up a model allowing prognosticating disease evolution, treatment outcome and resistance. It is expected that this work will have important consequences for the future disease management in CLL by the prevention of progression, treatment resistance, and bringing the right combination therapy to the right patients.
The “PureCell - Towards Precision Medicine: Advanced cellular analytics in biomedical research” proposal was built with the main aim to leverage the institutional capacities of the Institute of Applied Biosciences at the Centre for Research and Technology Hellas (INAB-CERTH) in biomedical research, with a particular focus on research initiatives related to precision medicine. Capitalizing on the presence of a high-skilled workforce, state-of-the-art infrastructure for omics studies (including in vitro and in silico analysis), scientific and technological excellence and extensive experience of joint initiatives in Greece and abroad, within only 4 years in existence, INAB-CERTH has accomplished landmark achievements in biomedicine, especially in cancer with a main emphasis on dissecting cancer pathophysiology towards enhancing the fundamental understanding of cancer and improving patient care. Through this present proposal, INAB-CERTH aims to expand its current activities by incorporating new technologies and relevant instrumentation, including (i) Cell Sorter + associated Flow Cytometry; and, (ii) Metabolic Kinetics infrastructure. The expanded capacity will integrate with our existing –omics facilities and amplify its impact in Precision Medicine. We aim towards the establishment of a National Open Infrastructure for Advanced Cellular Analytics in biomedical research that will be relevant to not only INAB-CERTH scientists and collaborators but the academic sector at large that will have increased opportunities for cutting-edge research.
Η εξελισσόμενη πανδημία από τον νέο κορονοϊό SARS-CoV-2 συνιστά μείζον παγκόσμιο πρόβλημα δημόσιας υγείας. Η αποτελεσματική διαχείριση της πανδημίας προϋποθέτει, μεταξύ άλλων, αξιόπιστη μοριακή ταυτοποίηση και χαρακτηρισμό του ιού, καλή περιγραφή των επιδημιολογικών χαρακτηριστικών, κατανόηση της παθοφυσιολογίας της λοίμωξης, αναγνώριση θεραπευτικών στόχων, ανάπτυξη εμβολίου και αποτελεσματικών αντιϊκών φαρμάκων.
Βασικό αντικείμενο του προτεινόμενου έργου IMPACT είναι η ανάπτυξη βελτιωμένων υλικών με βάση το βιομηχανικό ορυκτό ολιβίνη με διττό στόχο: i) την αύξηση της πυριμαχικότητας μαζών για εφαρμογές στη χαλυβουργία και ii) την αντικατάσταση του οξειδίου του πυριτίου στην άμμο χυτηρίων με μία περιβαλλοντικά φιλικότερη πρώτη ύλη. Στα πλαίσια της πρότασης θα επιχειρηθεί η κάλυψη των ερευνητικών δραστηριοτήτων με τη διερεύνηση της δυνατότητας ανάπτυξης βελτιωμένων βιομηχανικών υλικών με βάση τον ολιβίνη και με στόχο τη χρήση των υλικών αυτών σε εφαρμογές υψηλών θερμοκρασιών στη μεταλλουργική βιομηχανία (χαλυβουργεία και χυτήρια). Οι προκλήσεις που κινητοποιούν τις προτεινόμενες δράσεις στο IMPACT σχετίζονται με την ανάγκη ανάπτυξης βιομηχανικών πυράντοχων και πυρίμαχων υλικών που να ανταπεξέρχονται σε ιδιαίτερα απαιτητικά περιβάλλοντα, όπως είναι οι διεργασίες υψηλών θερμοκρασιών στη χαλυβουργία και στη χύτευση μετάλλων, και με τη διαρκή απαίτηση για χρήση φιλικότερων υλικών, τόσο για το περιβάλλον όσο και για τους εργαζόμενους.
Το παρόν έργο έχει στόχο την αναβάθμιση των ελληνικών βιοτραπεζών και την δημιουργία του Δικτύου Ελληνικών Βιοτραπεζών, μέσω των κατωτέρω δράσεων: 1. Επικαιροποίηση καταγραφής των Ελληνικών Βιοτραπεζών τόσο σε επίπεδο συλλογών και δειγμάτων όσο και σε επίπεδο εμπλεκόμενου ερευνητικού προσωπικού. 2. Καθορισμός και υιοθέτηση πρωτοκόλλων για συλλογή, επεξεργασία, φύλαξη και επανάκτηση δειγμάτων με βάση την ισχύουσα νομοθεσία και τους κανόνες δεοντολογίας, βιοηθικής και διαφύλαξης προσωπικών δεδομένων. 3. Εγκατάσταση και εφαρμογή τεχνολογιών πληροφορικής για την διασύνδεση μεταξύ των μελών του Δικτύου για την εξασφάλιση διαλειτουργικότητας των δεδομένων σε πραγματικό χρόνο. 4. Πρόσληψη και εκπαίδευση του κατάλληλου επιστημονικού προσωπικού για τη λειτουργία του Δικτύου. 5. Περαιτέρω διασύνδεση με το Ευρωπαϊκό Consortium.
Στόχος της συνεργατικής ερευνητικής υποδομής (ΕΥ) ORION-CM είναι να ολοκληρώσει και να αναβαθμίσει τις υποδομές για τη διενέργεια έρευνας και ανάπτυξης καθώς και εξειδικευμένων και διαπιστευμένων υπηρεσιών στον τομέα της αγροδιατροφής, έναν από τους σημαντικότερους παραγωγικούς τομείς της Κ. Μακεδονίας καθώς και της ευρύτερης περιοχής. Στα πλαίσια μιας στρατηγικής συνεργασίας των Ινστιτούτων ΙΝΕΒ, ΙΜΕΤ και ΙΠΤΗΛ του ΕΚΕΤΑ για την ενίσχυση της έρευνας και τη διασύνδεση της με την τοπική επιχειρηματικότητα στον αγροδιατροφικό τομέα, θα συμπληρωθούν κεντρικές, ήδη υφιστάμενες, υποδομές στους τομείς της α) βιοανάλυσης και μοριακής ιχνηλασιμότητας, β) ευφυών μεταφορών & εφοδιαστικής και γ) ψηφιακής διαχείρισης και ανάλυσης της πληροφορίας. Στόχος της υποδομής είναι η επέκταση και αναβάθμιση των υφιστάμενων υποδομών των τριών Ινστιτούτων ΙΝΑΒ, ΙΜΕΤ και ΙΠΤΗΛ.
Στα πλαίσια του Εθνικού Δικτύου Ιατρικής Ακριβείας, η Μονάδα Ιατρικής Ακριβείας Κεντρικής Μακεδονίας στο ΙΝΕΒ-ΕΚΕΤΑ θα εκπονήσει τις εξής δραστηριότητες: 1. παροχή εξειδικευμένων διαγνωστικών υπηρεσιών βασισμένων σε τεχνολογίες ανασυνδυασμένου DNA, ιδίως ομικές προσεγγίσεις. 2. ανάδειξη νέων βιοδεικτών μέσω συνδυαστικής προσέγγισης βασισμένης στην ενοποίηση νέων βιομοριακών δεδομένων με δεδομένα πραγματικής κλινικής πρακτικής (real world evidence, RWE). Ιδιαίτερη έμφαση θα δοθεί στις κακοήθειες του αιμοποιητικού και λεμφικού ιστού και τις προνεοπλασματικές καταστάσεις.
Ανίχνευση Μεταλλάξεων του γονιδίου TP53 σε ασθενείς με Χρόνια Λεμφοκυτταρική Λευχαιμία
Η Χρόνια Λεμφοκυτταρική Λευχαιμία (ΧΛΛ) είναι η πιο κοινή λευχαιμία των ενηλίκων στη Δύση και, παρά τις σημαντικές πρόσφατες εξελίξεις, παραμένει ανίατη. Είναι κακοήθης νεοπλασία των Β λεμφοκυττάρων και παρουσιάζει έντονη κλινική και βιολογική ετερογένεια. Το γονίδιο TP63, μέλος της οικογένειας TP53, σπάνια υφίσταται μεταλλάξεις σε αιματολογικές κακοήθειες ή συμπαγείς όγκους, ενώ η πρωτεΐνη που κωδικοποιεί (p63) δρα ως μεταγραφικός παράγοντας που ρυθμίζει καίριες διεργασίες του κυττάρου π.χ. επιβίωση, απόπτωση και μετανάστευση. Η πρωτεΐνη p63 εκφράζεται σε υψηλότερα επίπεδα σε καρκινικά κύτταρα σε σύγκριση με τα αντίστοιχα φυσιολογικά. Σε πρόσφατη μελέτη μας σε μεγάλη και καλά χαρακτηρισμένη ομάδα ασθενών με ΧΛΛ δείξαμε ότι η ισομορφή ΤΑp63 της p63 υπερεκφράζεται σε επιθετικές περιπτώσεις ΧΛΛ, ενώ η καταστολή της έκφρασής της ex vivo προκαλεί απόπτωση των ΧΛΛ κυττάρων. Η προτεινόμενη μελέτη επικεντρώνεται στη διαλεύκανση του ρόλου του μεταγραφικού παράγοντα TΑp63 στη ΧΛΛ αναζητώντας τους μοριακούς μηχανισμούς και τα ρυθμιστικά δίκτυα μέσω των οποίων δρα αντι-αποπτωτικά στα κύτταρα της ΧΛΛ, με απώτερο σκοπό τον εντοπισμό νέων θεραπευτικών στόχων.
Strengthening regional stem cells based research for advancement of multi modal innovative strategy for modelling neurodevelopmental disorders. Neurodevelopmental disorders (NDDs) are a group of complex and heterogeneous disorders that give rise to the psychiatric conditions such as autism spectrum disorders, intellectual disability, schizophrenia and bipolar disorder. These disorders are caused by alterations in early brain development affecting cognitive, social and motor abilities of patients. STREAMLINE aims to develop Institute of Molecular Genetics and Genetic Engineering (IMGGE) as a high-capacity hub for research of NDDs in the Western Balkans by twinning IMGGE with three top-class research institutions in Europe: Cardiff University, University of Maastricht and Centre for Research and Technology. The project objectives are: a) to enhance the current and scale up the overall strategic networking activities between the IMGGE and internationally-leading European partners and regional partners; b) to raise the research profile of research stuff and scientific attractiveness of IMGGE in the field of NDDs; c) to strengthen research management capacities and administrative skills of the IMGGE staff and d) to become a regional leader in innovations tackling NDDs.
Nanoparticle Emissions from the Transport Sector: Health and Policy Impacts. nPETS aims to monitor and sample with state-of-the-art particle instruments the sub 100 nm transport generated emissions from shipping, road, rail, and aviation both in field and controlled laboratory environments. Both aged and fresh aerosols will be considered, including primary and secondary volatile and non-volatile particles. Characterizing the emissions will be done from shipping, road, rail, and aviation by linking their sizes, chemical compositions, and morphologies to its specific emission sources such as engines, brakes, clutches, and tyres to increase the understanding of the mechanisms behind adverse risks posed by different types and sources of the identified sub 100 nm particles. The effects of nanoparticles from various transport modes and fuels, as well as specific emission sources, will be compared with a focus on markers of relevance for carcinogenesis and inflammation. Living cells will be exposed to collected and real-world primary and aged aerosols as well as primary and aged aerosols generated in the laboratory. Furthermore, it also aims to evaluate the possible future impact of new policies in this area on public health and linking the impacts with specific emission sources. This should lead to an understanding and quantification of the risks posed by different types and sources.
“Blocking the aggregation promoting ATXN1Q82-MED15 protein-protein interaction". Spinocerebellar ataxia type-1 (SCA1) is an autosomal dominant and lethal neurodegenerative disorder characterized by progressive movement disorders. It belongs to the group of polyglutamine (polyQ) diseases. It is caused by trinucleotide (CAG) expansions in the coding region of ataxin-1 (ATXN1) gene resulting in polyQ chains in the relevant protein. The mutant protein misfolds into toxic oligomers and forms intranuclear aggregates that cause neurodegeneration in the cerebellum. We aim to identify the exact PPI site between ATXN1 and MED15 and block it with chemical compounds having a similar structure. These compounds may also suppress polyQ protein aggregation and reduce cytotoxicity. To minimize the experimental workload, we are going to use a combination of computational and experimental techniques. First, we aim to predict the ATXN1-MED15 PPI site using a protein-protein docking algorithm. This prediction will be validated in a quantitative cell-based PPI assay. Then, we are going to perform a virtual screening and select chemical compounds that have similar structure to the ATXN1-MED15 PPI site. These compounds will be tested whether they block ATXN1-MED15 PPI in cell-based assays. Finally, hit compounds will be tested whether they suppress MED15-mediated ATXN1Q82 protein aggregation in a novel stem cell model using automated high-content screening. We expect that compounds blocking ATXN1-MED15 PPI would also suppress polyQ protein aggregation in primary human cells. Such compounds would be candidates for the development of novel anti-aggregating drugs in polyQ diseases.
PrescIT project’s main objective is the implementation, evaluation and dissemination of a Clinical Decision Support System (CDSS) platform for better, safer, standardized and cost-effective ePrescribing, initially at a national and future international level. The ultimate goals of the project are to speed up the process of medication prescription, and to increase productivity, through the use of indications and recommendations based on the history of active concomitant diseases, while at the same time, one of the main goals is to reduce errors, and consequently the safest administration of drugs via a systematic approach to check indications, contraindications and drug-drug interactions.
The project “Take-A-Breath” aims to design, research and development of an innovative system of personalized monitoring services for respiratory diseases (COPD, asthma) that takes into account cutting-edge clinical research and the emergence of new bio-indicators, with innovative Information and Communication Technologies (ICT), such as gamification techniques. Specifically, it enables the guidance of patients to manage their own health, by providing user-friendly tools and applications to raise awareness to patients regarding the clinical implications of their status and to monitor their adherence to treatment and medication plan. In particular, the work focuses on clinical research of new biomarkers associated with respiratory diseases, by examining a wide range of behavioral, environmental, and psychosocial parameters. In addition, the project adopts and develops an ambitious and innovative approach to monitor the use of inhaled respiratory medicine, combined with training procedures, through a holistic approach to self-management, medical assistance and self-improvement. On this basis, a bio-surveillance network with capacity to adapt to any drug inhalation device will be developed using non-intrusive sensors.
PVClinical aims to develop an online platform to facilitate and automate the implementation of Pharmacovigilance procedures, with particular emphasis on exploring potential Adverse Drug Reaction signals and focusing on integrating such processes into the clinical environment. Nevertheless, the PVClinical platform is not limited to the clinical environment, as it can be exploited by Contract Research Organizations and the pharma industry studying drug safety issues, as well as regulatory authorities such as the Greek National Medicines Agency, or the European Medicines Agency.
The eHealth lab of INAB|CERTH is in a long-term active collaboration scheme with Papageorgiou General Hospital (PGH) in terms of getting value out of healthcare data produced during healthcare (a.k.a. “Real-World Data” – RWD). To this end, the vast PGH data warehouse containing data of more than 1.4M patients have been converted to OMOP-CDM format and is actively used in the context of international studies.
The eCAN project is an EU joint-action aiming to provide a framework of recommendations for the integration of telemedicine and remote monitoring in health care systems. The main objective is to reduce cancer care inequalities across the European Union and to improve effectiveness, efficiency and quality in the prevention and cancer care, particularly during cross-border emergencies and health crises, such as COVID-19.
PEDRO is a platform supporting the management of the Adverse Drug Reaction (ADR) occurring during the management of Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL) patients by facilitating seamless communication between physicians and a specialized support team. To this end, PEDRO provides and ADR management digital platform connecting physicians and experts through peer-to-peer communication, enabling optimal ADR management decisions.
